La carrera del "Tigre" como entrenador comenzó en 1995 al mando de San Martín de Tucumán, donde cayó en la final del octogonal ante Colón. Al año siguiente tuvo un fugaz paso por Talleres de Córdoba, para luego arribar a Independiente en 1997.
En 1998 volvió a Talleres para tener un exitoso paso por el equipo, donde consiguió el ascenso derrotando a Belgrano, su clásico rival. Además, logró su primer título internacional tras quedarse con la Copa Conmebol luego de ganarle al equipo brasileño Sportivo Alagoano.
Su periodo por la 'T' culminó a fines de 2000 cuando pasó a Colón de Santa Fe, pero después de 180 días regresó a Talleres para dirigir hasta 2001. En 2002 pasó a Quilmes y luego a Argentinos Juniors, equipos que marcarían el término de su aventura en Argentina, para asumir un nuevo desafío, en Europa, precisamente en el Elche, esta vez como segundo entrenador.
En 2005 y 2006 regresó a Sudamérica y pasó a dirigir en Colombia. Primero fue en América de Cali y luego en Santa Fe, para cerrar el ciclo en esas tierras en 2006 y volver a Talleres donde estuvo hasta 2007.
En 2008 conseguiría su segundo título como entrenador, esta vez con Universitario de Perú, donde se quedó con el Torneo de Apertura durante la temporada 2008. Este logro lo llevaría a retornar a Argentina para hacerse cargo de Vélez Sarsfield, equipo en el que estuvo cuatro años y conquistó sus mayores títulos.
Entre 2009 y 2013 se quedó con dos Torneos de Clausura, un Torneo Inicial y el Campeonato de Primera División 2012/13. Además de estos cuatro títulos logrados, fue semifinalista de la CONMEBOL Libertadores 2011 y Sudamericana 2011, subcampeón del Torneo Apertura 2010, y tercero en los torneos Apertura 2011, Clausura 2012 y Torneo Inicial 2013.
Sus buenas actuaciones lo llevaron a firmar por un grande de Brasil, Palmeiras. En mayo de 2014 arribó al Verdao, pero luego de cuatro meses en el cargo, y debido a los malos resultados, fue desvinculado.
Este traspié en su carrera sería el inicio de una gran etapa en un desafío mayor: la Selección de Perú. Allí, logró imponer su fútbol y darle un sello al equipo, algo que se vio reflejado en los resultados. Después de siete años y 96 partidos al mando del seleccionado peruano, disputó el Mundial de Rusia 2018 y fue subcampeón de la Copa América en 2019, cerrando el ciclo con una efectividad del 48%.
En marzo de 2023, y luego de 10 años sin dirigir en Argentina, regresa a su país natal para tomar nuevamente Vélez Sarsfield. Su contrato inicial fue hasta finales del mismo año, sin embargo por los malos resultados decidió dar un paso al costado y finalizar su vínculo de manera anticipada el 4 de junio de 2023.
Ahora, y tras siete meses sin dirigir, vuelve a las canchas para dirigir la Selección Chilena, que cerró recientemente su incorporación para intentar llevar a La Roja a un Mundial después de dos ediciones sin clasificar.
