Desde 1984 inicia la historia de los enfrentamientos de Junior ante equipos de Brasil y el saldo no es positivo, en aquella ocasión tuvo que enfrentarse por CONMEBOL Libertadores a Flamengo y Santos, ante este último en Sao Paulo inició con victoria por 1-3, pero luego en Río de Janeiro ante Fla se llevó una derrota por idéntico marcador.
En 1992 en lo que fue la desaparecida Copa Conmebol Junior debió medirse a Atlético Mineiro, ante el que se llevó una goleada por 3-0 en Brasil por los cuartos de final de la competencia.
Luego fue en la Sudamericana que Junior volvió a verse las caras con un equipo brasileño, sucedió también en la fase de cuartos de final y en el partido que se disputó en territorio brasileño fue Internacional el rival con el que empataría 1-1.
Junior volvería a tener un rival de Brasil en Libertadores hasta el año 2011 cuando en fase de grupos se vio las caras con Gremio. En Porto Alegre los barranquilleros sucumbieron por 2-0.
En los cuartos de final de la Sudamericana 2016 a los rojiblancos les correspondió enfrentarse a Chapecoense de quienes recibieron una dura goleada por 3-0 en condición de visitante.
También por los cuartos de final, pero en la Sudamericana 2017, Junior visitó tierras brasileñas para enfrentarse a Sport Recife, en aquella ocasión logró sacar un empate que no tuvo goles. En esa misma edición del certamen llegó hasta semifinales y allí enfrentó a un Flamengo que en Brasil lo superó por 2-1.
La Libertadores de 2018 en fase de grupos le trajo un nuevo enfrentamiento ante equipos brasileños, esa vez fue ante Palmeiras que en Sao Paulo se impuso por 3-1.
El recuerdo más agrio que tiene Junior ante equipos de Brasil jugando como visitante se lo llevó en la Sudamericana del 2018, al Tiburón se le escapó el título en la final disputada en Curitiba ante Athletico Paranaense con el que en el terreno de juego terminaron empatando 1-1.
Por la Libertadores 2019 Junior tuvo que visitar a Palmeiras en fase de grupos, en aquella edición se llevó una dura goleada por 3-0. Un año después en la misma instancia y en el mismo certamen se midió a Flamengo en Río de Janeiro y perdió por 3-1. Luego en la Libertadores 2021 también por fase de grupos le correspondió visitar a Fluminense y esa vez fue triunfo por 1-2.
La última vez que Junior se midió a un equipo brasileño fue de nuevo ante Fluminense al que enfrentó por la Sudamericana 2022 en fase de grupos, aquella vez el Tiburón en Río perdió por 2-1.
En total el saldo de Junior jugando como visitante ante equipos brasileños por torneos Conmebol ha sido de tres victorias, un empate, diez derrotas, en estos juegos anotó trece goles y se llevó veintiocho en contra.
