Clasificado como subcampeón del fútbol colombiano disputó la primera fase en el grupo 3 con Millonarios y los ecuatorianos Emelec y Deportivo Quito.
Comenzó con tres partidos que empató como visitante en los que además hubo dos goles de René Higuita. Ante Millonarios 1-1 (gol de Higuita), ante Emelec 1-1 (Tréllez) y frente a Deportivo Quito 1-1 (Higuita).
Para la segunda parte en el Atanasio cayó 0-2 con los azules y sumó sus primeras victorias. Le ganó 2-1 a Deportivo Quito 2-1 (Arango y Escobar) y 3-1 a Emelec (Usuriaga, Fajardo y Tréllez).
Terminó segundo de su grupo con siete puntos con dos victorias, tres empates y una derrota.
En la siguiente fase, ya con eliminación directa enfrentó a Racing. Comenzó en Medellín con triunfo 2-0 (Tréllez y Villa) y en Avellaneda cayó 2-1 (F. Pérez). Lo justo para clasificar a los cuartos de final en los que repitió duelo frente a Millonarios.
Fue una serie intensa que además estableció una nueva rivalidad en el fútbol colombiano. Nacional se puso al frente 1-0 como local con anotación de Usuriaga. Con esa ventaja llegó a Bogotá, igualó 1-1 (Tréllez) y eliminó a los embajadores en un encuentro que elevó la temperatura por arbitraje discutido del chileno Hernán Silva.
Por las semifinales se encontró con Danubio de Uruguay. Terminó 0-0 en Montevideo y en Medellín lo goleó 6-0 con cuatro tantos de Usuriaga y los demás de García y Arboleda.
Ese equipo de Francisco Maturana fue por el título ante Olimpia. Cayó en el primera final 2-0 en Asunción. Jugó la vuelta en Bogotá porque el Atanasio no tenía la capacidad de público exigida y empató la serie con un autogol de Miño y uno de Usuriaga.
En los penales hubo atajadas y sufrimiento. Rene Higuita atajó cuatro, Leonel metió el suyo en una tanda de 18 cobros y el título se quedó en Colombia.
Fue un triunfo de "los puros criollos" pues Nacional solo jugaba con colombianos.
Nacional bicampeón en 2016 con una máquina de fútbol
Reinaldo Rueda fue campeón del fútbol colombiano en 2015. La primera señal de su legado en Atlético Nacional que logró su segundo título con un equipo para la historia.
Empezó en el grupo 4 con Huracán, Sporting Cristal y Peñarol. El primer partido lo jugó contra los argentinos. Ganó 0-2 (Moreno y Berrío). Debutó como local ante los peruanos con goleada 3-0 (Dávinson, Copete, Moreno) y cerró esa primera parte frente a los uruguayos a los que superó 2-0 (Bocanegra, Moreno) en el Atanasio.
Cerró la fase invicto con un 0-4 a Peñarol en Montevideo, un triunfo en Lima 0-1 (Ibarbo) y un empate sin goles contra Huracán en Medellín.
El balance en esa ronda lo puso entre los candidatos. Primero de su grupo con 16 puntos e invicto con cinco victorias y un empate.
En los octavos de final jugó otra vez ante Huracán. Igualó 0-0 en Argentina y como local sentenció la serie 4-2 (Ibarbo, Guerra 2 y Copete)
Rosario Central lo esperó en los cuartos. Un mano a mano intenso que dejó para siempre la triple atajada de Franco Armani en Arroyito. Nacional cayó 1-0 pero clasificó en un encuentro caliente con un gol agónico a los 95’ de Berrío para el 3-1 (Macnelly, Guerra y Berrío)
En semifinales incorporó a Miguel Borja, delantero que resultó definitivo para ser campeón. Con cuatro goles suyos en Brasil y Medellín, eliminó a Sao Paulo.
Ratificó su condición de favorito en la final ante Independiente del Valle. Empató 1-1 en Quito (Berrío) y aseguró el título con el triunfo 1-0 (Borja) en Medellín.
Nacional solo perdió un partido de los 14 que afrontó en esa campaña de Libertadores. Una máquina de fútbol que además fue finalista de la CONMEBOL Sudamericana, instancia que no pudo disputar contra Chapecoense.
